Keď bol v roku 1655 magistrát mesta celkom v rukách evanjelikov, títo sa rozhodli postaviť si kostol. Postavili ho na mieste starej radnice, čiže na mestskom pozemku, pričom použili na stavbu mestské kamene, vápno, tehly a povozy, určené na stavbu hradieb. Keď zbierky nevyniesli potrebné financie, siahli na mestské peniaze a na dôchodky z majetkov katolíckeho kostola, ktoré stále užívali. Týmto kostolom je dnešný Dolný kostol. V tom čase sa nesmeli evanjelické kostoly podobať katolíckym, v čom je tento kostol výnimka. Má sanktuárium, vchod z námestia i hlavnej ulice, ako aj vežu. Vežu postavili oficiálne ako mestskú vežu na strážnu a hlásnu službu. Cirkev ju odkúpila až v roku 1942 za symbolickú jednu korunu. Jediné, čo v kostole pripomína, že to bol protestantský kostol, sú empory po stranách lode, kde sa zhromažďovali muži. Základný kameň položili 12. 8. 1655 a posviacka sa konala 27. 3. 1659. Kostol posvätil vtedajší pezinský nemecký kazateľ Teodor Puchner. Už v tom roku sa však ozvali pezinskí katolíci. Dňa 6. októbra podali sťažnosť kráľovi pre porušenie svojich práv. Cisár Leopold I. sa tejto veci nemohol venovať pre boje s Turkami.

Počas stavovských povstaní ostrihomský arcibiskup a uhorský kancelár v jednej osobe Juraj Szelepcsényi – Pohronec informoval cisára Leopolda I. o vraždách kňazov a iných činoch stavovských povstalcov (medzi ktorými boli aj evanjelici) a medziiným spomenul aj situáciu v Pezinku. Cisár ho vypočul a rozhodol sa odobrať evanjelikom kostoly, ktoré si postavili proti viedenskému rozhodnutiu z roku 1647. Išlo kostoly v Pezinku, Svätom Jure a Modre, odkiaľ dal vykázať evanjelických kazateľov. Zástupcovia týchto mestečiek prišli 28. februára 1674 do Bratislavy, kde odovzdali kľúče od kostolov Szelepcsényimu ako kráľovskému miestodržiteľovi. Podpísali reverz, že sa evanjelickí kazatelia zdržia v meste len do Veľkej noci a dovtedy nebudú vykonávať žiadne obrady.

Sám Szelepcsényi prebral tieto tri kostoly 1. marca. Dolný kostol sa stal vlastníctvom kráľovskej pokladnice, od ktorej ho kúpili katolíci za finančnú čiastku, ktorú určil cisár. Sumu každoročne splácali. Veža kostola však nebola dokončená a nový majiteľ dal na nej vyhotoviť len malú provizórnu ihlanovitú strechu, ktorá je tam dodnes a nie je v súlade s barokovým charakterom kostola.

V roku 1674 prišli do Pezinka kapucíni, ktorí zaujali Farský kostol Preblahoslavenej Panny Márie. Novým farským kostolom sa stal dolný kostol, prebraný od evanjelikov. Evanjelici svoj kostol prevzali nakrátko po šopronskom sneme v roku 1681. Už v júni ho však museli vrátiť katolíkom na príkaz panovníka.

V roku 1683 však zaujal Pezinok vodca stavovského povstania Imrich Thököly, ktorý prikázal kapucínom opustiť mesto a pôvodný Farský kostol sa stal opäť farským kostolom. Dolný kostol totiž odovzdal evanjelikom. Po víťazstve cisárskych vojsk v roku 1683 evanjelici zamkli svoj kostol a ich kazatelia opustili mesto. Kostol užívali len dva mesiace. Po ich odchode prišiel do Pezinka bratislavský kanonik Jelenffy a spolu s pezinským farárom Mathiasom Nemečkom otvorili kostol. Katolíci ho používali až do nasledujúceho povstania Františka Rákociho. Počas tohto povstania v júli 1705 evanjelici zaujali opäť Dolný kostol. Cisársky generál Heister však Rákociho porazil a evanjelikom nariadil kostol vrátiť. Stalo sa tak v roku 1709. Evanjelickí kazatelia opäť opustili mesto. Dolný kostol sa stal opäť farským.

V roku 1753 prišli do Pezinka pátri jezuiti a založili tu Misijný dom Spoločnosti Ježišovej, ktorý stál na mieste dnešného Mestského úradu na Radničnom námestí. Spoločnosť zároveň prevzala do správy dolný kostol, ktorý im 1. januára odovzdal generálny vikár a titulárny biskup Jozef Szent-Ilonay.

Dňa 26. 4. 1760 sa konala konsekrácia kostola. Posvätil ho ostrihomský svätiaci biskup Anton Révay. Súčasťou slávnosti bolo aj udelenie sviatosti birmovania a posviacka zvonov.

V roku 1773 bola Spoločnosť Ježišova zrušená. Dekrét o jej zrušení prečítal v Pezinku dňa 9. októbra generálny vikár a titulárny biskup Ján Galgóczy. Bývalý páter Andrej Bertaffi však zostal v dolnom kostole ako nedeľný kazateľ. Kostol však už vtedy patril pod správu fary a tak je dodnes.

Obnova exteriéru kostola a strechy sa konala v roku 1933. V rokoch 1943-1949 kostol vymaľoval pezinský maliar Augustín Barta. Dovtedy boli jeho steny biele a ich farba kontrastovala s čiernou farbou oltára, kazateľnice a organa. Do kostola pribudol nový hlavný oltár s obrazmi Premenenia Pána a Najsvätejšej Trojice a tri bočné (sv. Jozefa, Božského Srdca a Panny Márie Pomocnice), tiež 2 sochy (sv. Antona a sv. Tadeáša) a reliéfy krížovej cesty. Tak kostol stratil pôvodný dojem protestantskej jednoduchosti. Posviacka kostola sa konala 29. júna 1949. Vykonal ju trnavský apoštolský administrátor Mons. Ambróz Lazík a slávnostným kazateľom bol Mons. Ján Pöstényi, správca Spolku sv. Vojtecha. S posviackou bolo spojené aj vysluhovanie sviatosti birmovania, ktoré udelili A. Lazík a Mons. Michal Buzalka, trnavský svätiaci biskup.

Posledná obnova kostola sa konala v roku 1965. V kostole sa dodnes zachoval pôvodný organ z roku 1663, ktorý bol vyrobený v Norimberku a stál 1000 ríšských toliarov. Pôvodne mal zatváracie krídla s maľbami sv. Cecílie, kráľa Dávida a Zvestovania Pána, ktoré boli odstránené zo statických dôvodov. Vo veži sa nachádza 5 zvonov. Tri ulial v rokoch 1985 a 1988 Josef Tkadlec v Halenkove, jeden A. Kurbel v Trnave a piaty pochádza z roku 1922.

Zdroj: Peter Sandtner