Kapucíni prišli do Pezinka ako rekatolizačná rehoľa v roku 1674. Do Pezinka ich uviedol 10. júna sám ostrihomský arcibiskup Juraj Szelepcsényi. Do užívania dostali Farský kostol Preblahoslavenej Panny Márie, pričom novým farským kostolom sa stal Dolný kostol, odobraný evanjelikom. Kapucíni spočiatku bývali v dome Pavla Spacaja, neskôr im mesto prenajalo osobitný dom. Tieto priestory užívali až do postavenia vlastného kostola a kláštora. Postavili ho na mieste kúrie baróna Mateja Hedlyho. Základný kameň kostola položil biskup Andrej Kürtessy v roku 1715 a už v roku 1716 bola položená strecha. Kapucíni sa do kláštora presťahovali v roku 1726. Vtedy sa v ňom konali aj prvé bohoslužby, na ktorých kázal farár z Modry Ján Paján. Kostol bol konsekrovaný 9. 7. 1730 za prítomnosti ostrihomského arcibiskupa Imricha Eszterházyho a svätiaceho ostrihomského biskupa Žigmunda Beréniho.

Jednoloďový Kostol Najsvätejšej Trojice má sanktuárium rozdelené oltárom na dve časti – na vlastné sanktuárium a na oratórium pre rehoľníkov za oltárom. Vchádza sa doň tunelom. Nad oratóriom je vežička so zvonom z roku 1807 od Karola Filgradera z Trnavy. Po pravej strane kostola sa nachádza osobitná spovedná miestnosť, sakristia a bývalý archív. Okrem hlavného oltára (autorom obrazu sv. Trojice je J. Kuch) sa v kostole nachádzajú aj bočné oltáre (sv. Františka, sv. Fidela, sv. Felixa a sv. Alžbety). Steny kostola vymaľoval v roku 1912 Augustín Barta. Na chóre sa nachádza organ z roku 1822. Pod kostolom sa nachádza krypta. Kostol je spojený so štvorkrídlovým kláštorom kapucínov. Jeho súčasťou bola aj divadelná sála (tzv. Útulňa), ktorá bola zbúraná a na jej mieste bola postavená nová budova Charitného domova. Kapucínska záhrada pôvodne siahala až takmer po Štefánikovu ulicu, pričom uzatvárala Holubyho ulicu.

V roku 1750 boli pred kostolom postavené sochy sv. Františka a sv. Antona. Zvetraná socha sv. Františka bola neskôr nahradená sochou sv. Floriána z dolnej mestskej brány. Obnovené boli v rokoch 1956 a 1996 Vladimírom Milkom. Pred kostolom sa tiež nachádza kríž s maľbou Jeruzalema od Augustína Bartu z júla 1968 a lurdská jaskyňa z roku 1947, ktorú dala postaviť Brigita Čechová. Autorom maľby Panny Márie zázračnej medaily na prvom dome pred kostolom je tiež Augustín Barta.

Kapucíni užívali kostol a kláštor nepretržite až do noci z 13. na 14. apríla 1950, kedy v ňom bol zriadený internačný kláštor pre predstavených reholí z kláštorov, zrušených v tú noc. Čoskoro však tento kláštor presťahovali do Báču. Kapucínov v Pezinku spočiatku ponechali, neskôr však väčšinu odviezli a ponechali len troch na vykonávanie bohoslužieb. Tých odviezli v roku 1952. Medzitým bol v kláštore zriadený preškoľovací kláštor pre rehoľných bohoslovcov a neskôr internačný kláštor pre diecéznych kňazov. Potom sem zvážali rehoľné sestry z nemocníc, ku ktorým postupne pribúdali starí kňazi a rehoľníci. Tak vznikol Charitný domov pre starých a chorých kňazov. Sestry ostatných reholí časom odviezli a zostali tu len sestry vincentky. Duchovný správca Charitného domova spravoval aj Kostol Najsvätejšej Trojice. Kapucíni sa do Pezinka vrátili v roku 1990 a užívali kostol a časť kláštora. Charitný domov v Pezinku bol zrušený v roku 2004 a odvtedy slúži kostol i kláštor výlučne kapucínskej komunite.

Zdroj: Peter Sandtner