Trojloďový gotický Farský kostol Preblahoslavenej Panny Márie (dnes Nanebovzatia Panny Márie) bol postavený v 14. storočí. Pôvodne nemal vežu a okolo neho sa rozprestieral cintorín. Z gotického zariadenia sa zachovala len polygonálna kupa krstiteľnice a epitaf grófa Juraja z roku 1426. V kostole sa tiež nachádza vzácna renesančná kazateľnica z roku 1523. Prvú zmienku o pezinskej farnosti máme z rokov 1317-1320, keď pápežskí legáti vyberali dôchodky pre pápežskú komoru. Počas reformácie v druhej polovici 16. storočia sa Farský kostol dostal do rúk evanjelikom, nakoľko veľká časť obyvateľov Pezinka prijala reformačné učenie. Katolíci chodievali do kostola v Grinave. Kostol im bol vrátený až v roku 1628. Slúžil ako farský do roku 1674, keď bol evanjelikom odňatý kostol na námestí. Ten sa stal novým farským kostolom a dovtedajší Farský kostol prevzala rehoľa kapucínov. Počas Rákocziho povstania v rokoch 1705-1709 však museli kapucíni kostol prepustiť fare, lebo evanjelikom bol odovzdaný Dolný kostol.
Kapucíni sa v roku 1726 presťahovali do svojho novopostaveného kláštora s kostolom a Farský kostol zostal opustený, pretože neboli peniaze na jeho údržbu. Situácia sa zmenila po príchode jezuitov do Pezinka v roku 1753. Títo prevzali Dolný kostol a farským sa stal opäť Farský kostol a tak je to dodnes.

V roku 1754 boli pôvodné gotické krídlové oltáre v kostole nahradené novými, barokovými. Autorom hlavného oltára je Štefan Steinmassler. Oltárny obraz Nanebovzatie Panny Márie však pochádza až z roku 1789. Po bokoch víťazného oblúka sa nachádzali oltáre Božského Srdca a Panny Márie Lurdskej, v bočnej lodi je oltár Piety a v Kaplnke sv. Anny je oltár sv. Anny. Táto kaplnka bola postavená v roku 1609 ako pohrebná kaplnka palatína Štefana Illéšházyho. Nachádza sa v nej jeho epitaf s reliéfom v životnej veľkosti. Pod kostolom a kaplnkou sa nachádza viacero krýpt. Autorom 25-registrového organu z roku 1863 je Martin Šaško z Brezovej pod Bradlom. V 18. storočí bola ku kostolu pristavaná veža, v ktorej sa nachádzajú tri zvony ( dva z roku 1932 od R. Manouška z Brna a jeden z roku 1880 od Petra Hilzera z Viedne) a jeden umieračik.
V areáli kostola sa nachádza časť múru bývalého cintorína s posledným náhrobkom, dva vstupy do krýpt a pomník padlým v prvej svetovej vojne. Tiež sa tam nachádza socha sv. Jána Nepomuckého, ktorá pôvodne stála pri hornej mestskej bráne. Na súčasné miesto ju v roku 1975 premiestnil a zreštauroval Vladimír Milko.

Počas rekonštrukcie kostola v rokoch 1974-1975 bola odstránená pôvodná baroková výmaľba stien a boli odstránené oltáre z bokov víťazného oblúka. Jeden premiestnili do bočnej kaplnky, druhý do lode.

Kostol prešiel v rokoch 2004 – 2018 komplexnou rekonštrukciou. Dňa 1.12.2018 o 10:30 h. o. arcibiskup Mons. Stanislav Zvolenský, bratislavský arcibiskup metropolita, farský kostol konsekroval a opäť uviedol do prevádzky.

Zdroj: Peter Sandtner